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主に雷雨やエーテルの風をやり過ごす為に使用する特殊な設備。
宿屋で開放されている公共のシェルターと、雑貨屋などで販売されている携帯用の「シェルター」の2種類がある。

シェルター（施設） †

悪天候（雷雨・雪・エーテルの風）の時に宿屋の店主に話しかければ専用の選択肢が出るので、そこから入れる。
中にいるときは1ターンの経過時間が大幅に増し(200000/速度+1秒)、自動的に食事と睡眠が確保される。休憩(R)や学習書の使用でより早く時間が流れる。

ベッドや調理器具、学習書（スキルはランダム）やトレーニングマシンなど一通りの設備が備え付けられている。これらはシェルターに入る度に再生成される。
また、街の住人が一定人数配置されるため演奏等で稼ぐことも可能。
アイテムを置くことも出来るが、シェルターから出ると消滅してしまうので注意。

なお、シェルター内部では以下の制限がある。

• 脱出と帰還は無効化される。
• 眠気の進行が止まる。
• 睡眠時のランダムイベントは起きない。
• 遺伝子を残す事は出来ない。

悪天候が終わると、時間経過も通常通りになり空腹や眠気も出るようになる。

シェルター（携帯用） †

使用(t)することでその場にシェルターの出入り口を設置することができる。そこから自由に出入り、取り外し(g)が可能。
グローバルマップ、町、ダンジョン問わず、（進入する度に再生成されるマップ以外であれば）大抵どこにでも設置できる。
設置には25ターンかかり、設置後に入るためにさらに10ターンかかる。
宿屋のシェルターと同様、悪天候時は1ターンの経過時間が大幅に増し、自動的に食事と睡眠が確保される。
出入りの際は自動的にゲームが保存されるので、（手動セーブ禁止縛りでの）セーブポイントの代用としても使える。

家などと同じようにハウスボードを使用すると壁と床を変更する事が可能で、
最大6個までのアイテムを置いておく事が出来る。
置ける数は少ないものの、維持費の掛からない倉庫として代用できる。
また、家具も置けるのでベッドや調理器具を置いてプチ拠点として利用も可能。
ただし、荷車のアイテムを置けないマップにシェルターを設置した場合、それらはシェルター内でも置くことができない。
シェルターを撤去した場合、置いてあったアイテム、中に居たNPCは消滅し、ハウスボートによる変更内容も失われる。

町に設置した場合は、ドロップアイテムと違って町を出ても基本的には消滅しない。
しかし、アイテム大量生成などでアイテム種類上限を超えた時の低価値10位以内消滅の影響には巻き込まれる。
またグローバルマップ上に設置したシェルターは開発版で追加されたワールドに移動すると消滅するので注意。